Par un accord gouvernemental COT0116321 du 11/12/2012, le Royaume des Pays-Bas finance une seconde phase du programme PPEA (PPEA-II/2013-2015) pour un budget global de 62 millions d'euros dont 19,8 millions d'euros de contribution de l'Union Européenne en coopération déléguée avec l'ambassade des Pays-Bas. A l'instar de la phase précédente, le PPEA-II est un programme aligné sur les procédures et stratégies nationales et exécuté par les structures gouvernementales à divers niveaux central, déconcentré et communal. II devront être auditées annuellement par un cabinet d'audit international directement contracté par l'Ambassade des Pays-Bas.