Für die Gewässerzustandsbewertung ist die biologische Qualitätskomponente Makrophyten und Phytobenthos an repräsentativen Fließgewässer-Messstellen zu erfassen. Nach dem Thüringer Monitoring-Rahmenkonzept sind im Zeitraum 2023 bis 2025 insgesamt 366 Beprobungen durchzuführen, wobei jährlich ca. ein Drittel der Beprobungen durchgeführt wird. Die Leistung umfasst die selbständige Probenahme, die Aufarbeitung der Proben und Bestimmung der Arten im Labor sowie die digitale Datenerfassung.

Die Überwachung der Oberflächengewässer hinsichtlich ihres ökologischen Zustands ist ab 2006 nach den Anforderungen der Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG) neu ausgerichtet worden. Die Verordnung zum Schutz der Oberflächengewässer (OGewV) vom 20. Juni 2016 überführt die Detailregelungen zur Gewässerüberwachung in nationales Recht. Der ausdrückliche Auftrag zur Überwachung und Zustandsermittlung der Gewässer durch eine zuständige Behörde ergibt sich aus § 9 Abs. 2 i. V. m. Anlage 9 und 10 OGewV. Die zuständige technische Fachbehörde ist nach § 60 Abs. 1 ThürWG vom 08. Juni 2019 das TLUBN. Der jeweilige Zustand der Gewässer wird durch die Untersuchung und Bewertung der biologischen Qualitätskomponenten Makrozoobenthos, Makrophyten/Phytobenthos, Fische und Phytoplankton gemessen und ermittelt.