L'objet du présent accord-cadre est de produire des ressources génétiques et des ensembles de données pour les espèces Timema. Il comprend le reséquençage de génomes entiers (WGRS), la production de plusieurs génomes de référence, le séquençage de mécanismes épigénétiques et le génotypage par séquençage (ddRAD) de phasmes du genre Timema. Cet accord-cadre est exécuté dans le cadre du projet ERC EE-Dynamics « Dynamics of eco-evolutionary systems » (PI P. Nosil).

Cette prestation vise à imputer les séquences du génome entier d'individus du genre Timema en utilisant un reséquençage profond (10x) du génome entier d'individus, afin de prédire la séquence du génome entier d'autres individus avec un séquençage à couverture 0,5x. Le titulaire assurera la préparation des bibliothèques et le séquençage de ces bibliothèques. Les extractions d'ADN seront envoyées par transporteur en différents lots d'une centaine d'échantillons à la fois.

Le présent lot a pour objet le séquençage de génomes de référence avec un assemblage à l'échelle chromosomique et avec résolution des haplotypes. Nous demandons plusieurs génomes de référence pour différents morphes (avec différents motifs dorsaux) dans différentes espèces du genre Timema.

La prestation vise à réaliser des tests épigénétiques chez T. cristinae à partir de populations de plantes hôtes différentes – qui définissent les écotypes. Nous prévoyons d'obtenir des données pour des spécimens de différentes plantes hôtes sur :

1) Le statut de méthylation de l'ADN en utilisant la technique WGBS ;

2) La carte d'accessibilité de la chromatine à haute résolution en utilisant la technique ATAC-seq;

3) L’organisation tridimensionnelle de la chromatine et une carte génomique des interactions entre les loci utilisant la technique Hi-C;

4) Carte des modifications des histones à l'aide de ChIP-seq;

5) Des modèles d'expression utilisant la technique RNA-seq;

6) Évaluer la structure génétique qui sous-tend ces structures épigénétiques à l'aide du WGS. Nous fournirons les tissus d'insectes et le fournisseur de services se chargera d'effectuer les différents traitements (i.e., bisulfite, ATAC, capture de la conformation de la chromatine) suivi d'un séquençage à haute résolution.

L’objet du présent contrat est de génotyper par séquençage des individus de l'espèce Timema cristinae. Nous fournirons au titulaire des librairies prêtes. Le prestataire réalisera le séquençage de ces librairies.