Cette mission consiste en une assistance au maître d'ouvrage, pour l'organisation et le suivi du réseau, de sa maintenance en liens avec les prestataires, le recueil, la validation et la bancarisation des données, ainsi que leur valorisation notamment par la réalisation du bilan annuel et le site internet. En outre, l'AMO assistera l'État et notamment ses services de police des eaux lors des observatoires départementaux de l'eau.