Op verzoek van het Ministerie van Economische Zaken heeft het Rathenau Instituut, als onafhankelijke partij, een kader ontwikkeld voor het monitoren en evalueren van organisaties voor toegepast onderzoek: het Evaluatie- en Monitoringskader Toegepast Onderzoek (EMTO). Het EMTO-protocol geeft „een beschrijving van de aanpak voor de jaarlijkse monitoring en vierjaarlijkse evaluatie van de kwaliteit, impact en vitaliteit van de Toegepast Onderzoeksinstituten (TO2-instituten) in Nederland. Daarnaast geeft het protocol een beschrijving van de aanpak voor de synthese van deze evaluaties. Het protocol geeft niet alleen aanwijzingen voor wat gemonitord en geëvalueerd moet worden, maar ook voor hoe, door wie en wanneer dit gedaan dient te worden”. Het EMTO laat veel ruimte voor een specifieke invulling per instelling. De TO2-organisaties opereren in sterk verschillende markten, en hebben soms zeer uiteenlopende opdrachten. Deze „eigenheid” moet ook terugkomen in de evaluatie.

De evaluatie wordt uitgevoerd door de Evaluatiecommissie TO2. Daarnaast zijn er drie sub evaluatiecommissies (EC): sEC TNO, sEC DLO en sEC Deltares/ECN/Marin/NLR. Deze commissies worden door EZ ingesteld en krijgen van EZ de opdracht om de TO2-organisaties te evalueren op basis van het EMTO.

Daarnaast verstrekt EZ een opdracht aan een onafhankelijke private partij (opdrachtnemer) middels deze aanbesteding om de evaluatiecommissies te ondersteunen. De evaluatiecommissies opereren als zodanig als gedelegeerd opdrachtgever (namens EZ) richting opdrachtnemer. Zulks in afstemming met EZ en binnen de kaders van de in dit document beschreven opdracht.